为正义而战
纽约市发生了一连串不可思议的事件，瞬息移动的阴影划过市区，天上的星星竟以直线排列，而窜起的怪物正在四处破坏，危害市民的安全，一场超级大动乱山雨欲来……纽约市更加需要忍者神龟这个正义团队的帮助了，每个人都在期待着小龟们的出现，但是他们在哪儿呢？原来，在消灭了大坏蛋斯莱德之后，短暂的和平取代了昔日紧张的战斗节奏。但在平淡生活步调的消磨下，四位小龟之间的战友兄弟情却开始变得疏远，老鼠老师斯普林特（岩松信 配音）逐渐意识到了这点，对这个曾经斗志昂扬却日渐陌生的下水道家庭的未来，不免担心起来，而且，个性依旧的四位小龟也都是各怀心腹事儿：
平日优良的表现让身为队长的李奥纳多（即达·芬奇，蓝色面罩，兵器为武士刀），获得了师父斯普林特的认可并被授予一个古老奖章。目前他和兄弟们暂时分别，独自离开纽约市前往南美执行特殊任务，并继续更高深的训练；
不管现在纽约市有多混乱，聪明却性情温和的多纳泰罗（紫色面罩，兵器为长棍）却是浑然不知，因为和其他兄弟的聚少离多，除了平日跟米开朗基罗四处打打零工的时间之外，多纳泰罗终日寄情于他的科学小发明。但自我陶醉、专心一致的研究过程也让他渐渐失去了身为一个忍者的绝对条件：决心和勇气。多纳泰罗能及时找回身为忍者的决心和勇气吗？
李奥纳多离开纽约市的那段时间里，兄弟间的友情也遭受到严重的考验。拉斐尔（红色面罩，兵器为双叉刀）对于总是想当老大的李奥纳多以及其他兄弟们的整日游手好闲感到十分不满，因此时常脱离团队擅自行动。此时，纽约市夜晚出现了一个神秘的“夜行侠”，他总在犯罪事件发生时出现并逮捕罪犯，但其主持正义的神秘行为却不合法，这是否和拉斐尔有关？
由于队长李奥纳多的暂时别离和拉斐尔的时常脱队，让平常身为兄弟们开心果的米开朗基罗（橘色面罩，兵器为双截棍）也变得意志消沉起来，即便他每天都沉溺在最爱的极限运动中也还是觉得不开心。因此，米开朗基罗开始和多纳泰罗一起去打零工，他们的工作就是每当有家庭要为小朋友开庆生舞会的时候装扮成布偶，逗取小朋友们开心……
纽约市正面临着前所未有的险恶威胁，而这倾城危机的幕后黑手便是野心勃勃的工业巨头麦克斯·温特斯（帕特里克·斯图尔特 配音），他利用高科技及远古咒语复活了一支怪物军团，其中包括13只变种怪物、4个石头将军和1个三千年不死的千岁人魔，而且老牌坏蛋组织“鬼脚忍者”也在头领卡拉（章子怡 配音）的率领下，助纣为虐、与麦克斯结盟作乱。当城市与家庭同时陷入危机，便是忍者神龟重新组队、再度出山的时刻。在老朋友——记者美眉艾普莉·奥尼尔（莎拉·米歇尔·盖拉 配音）及其正义男友凯西·琼斯（克里斯·伊凡斯 配音）的热心协助下，小龟们直面超能恶势力、再度为正义而战。
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